2009年3月17日 星期二

概似度分析法研習會

東海大學生命科學系將於4/10-4/11舉辦 "概似度分析法研習會"
很榮幸邀請到> Dr. Charles D. Canham 擔任講員。

Dr. Charles D. Canham每年定期於紐約州的Cary Institute of Ecosystem Studies 舉辦概似度分析法研習會,以淺顯的方式解釋困難的統計問題,
非常適合統計背景不多的生物學家參與。
此次來台,他將以2天時間,解釋概似度分析法的基本原則,
並將主持電腦實習,讓學員有實際的分析經驗,
歡迎有興趣的老師與同學,共襄盛舉!

Dr. Charles D. Canham 為全球知名的森林生態學家,
近年來致力於以概似度分析法 (likelihood methods),
發展各類生態模式,包括:種子傳播模式、林木生長 與死亡模式、
生態系模式等,這些生態模式亦整合於聞名的SORTIE model中。

Dr. Charles D. Canham 也有許多跨領域的研究經驗,曾和小型哺乳動物學家合作探討 森林動態、動物族群與流行病的關係。

2009年3月16日 星期一

公文是一種很玄的東西

在被系辦打槍,改了裝備再度闖關好幾次~以及一個星期的等待
這個星期終於獲得對方的回覆啦!!!
這也代表~之前送出去的公文可以算是通過的啦!!! 哇哈哈哈哈哈

這次呢,因為研究主題的需要,
我分別行文到臺大實驗林、特有生物中心以及蓮華池試驗中心,
而個別單位若要進入都還有不同的規定喔!
當然啦,那些辛辛苦苦改了又改的公文檔案一定是要存下來的!
由於當時被系辦打槍的時候,系辦的學長希望我們能把這樣的東西"流傳後世"~
所以囉,以後如果有需要寫公文的同胞們~
還是先來跟我拿個檔案吧,我會相當有耐性且溫柔的告訴你步驟的!
畢竟一直被打槍是會很無奈的啦XD


(圖來啦~~)
另外呢,最近大門口的流蘇開得很美麗囉!
趁著這幾天好天氣~快帶著閃光或偽閃光或將來是閃光的
都一起去享受一下美好的天氣吧~

2009年3月6日 星期五

滂沱大雨中的環島第一天



Hello 各位親愛的同胞們
我現在在新竹市火車站附近的旅館
今天是我的環島第一天
預計會在3/15回到新店

出發前幾天 看到氣象預報
其實就覺得很煩惱 為什麼天氣這麼差呢?
一度有猶豫
但到了昨晚
跟同學碰面了 想了一下
不騎 也沒時間了
天氣再差 也不過就是這兩天的樣子吧
所以兩個人決定還是依照計劃出發

結果到了3/6一早
我們七點起床 預計八點出發
很好 起床一看 乾地呢~
但 天不從人願
七點四十左右吧 下大雨了
囧爆了
最後 我們決定 等一陣子 看狀況決定
在我家 等到了九點
很好 雨稍小 但雨勢也很穩定 也不像會變的更小的樣子
囧 討論一下
恩 衝吧!
就這樣 我們出發了

一路上 狀況頻仍
原定計劃是從新店走110 可以直接走到桃園市 開始一路沿台一南下
但 事情不會這麼順利的
到了鶯歌 呃............
110不見了 看著指標寫110 往桃園
照指示一轉彎...........
啊 怎麼沒路了 看起來是個停車場....
只好問路 最後走114
進了八德 再繞進中壢

在剛進中壢市的時候
啊~~~
我爆胎了
只好趕快找個可以躲雨的騎樓補胎
(還好這項技能我出發前有練過 科科)
補好胎 在中壢吃午餐





再上路 哇咧 快兩點了
我們也終於在中壢這邊
接回台一了

進了台一
雨絲毫不見減小的趨勢
就這樣
淋著雨 噴著水花前進
進到了新豐
這是機烤會的回憶呀~

就在快到竹北的時候
又有狀況了
我同學的車 沒有煞車了
雨天 沒煞車 真是太恐怖了
所以一到竹北市區
我們馬上找腳踏車店修車
修好車 這一折騰
也四點半了

唉~
所以五點的時候進了新竹市
今晚就住新竹了
不過還好 住的地方設備不錯
科科
看我現在還有電腦跟網路用咧~

之後幾天
如果住宿點有電腦用 我就會上來報告狀況
如果沒電腦用
我也會努力看看住的點附近有沒有網咖的 XD
科科

謝謝大家的關心
我會加油而且平安的環完這一圈的!!!

2009年3月5日 星期四

生物地理學古文獻

最近開始酗舊東西
無意間發現的古文獻全集

http://www.wku.edu/~smithch/biogeog/

2009年3月4日 星期三

免費的 要搶要快

The Royal Society Digital Journal Archive is FREE to access until 31st March 2009.

During this free access period go to http://www.rsc.org/Publishing/Journals/.

2009年3月2日 星期一

二月狀況回報(delay...)Dali


現在正在火燒屁股之中 今天有咪廷明天有專討~
本來想說專討完再來寫 但是老師的催繳通知單都來了就趕快跳上來寫QQ

二月的第一周,過完春節就去和社的林場實習。
原本預計結束和社之後要進軍溪頭,結果鹿老師緊急來電說:
「大利我們這邊帳算錯了,目前無法支付你過來的成本。」
於是我就提早遣返台北了。
回來之後,多了數天的空白,
2/5 2/6我就全力衝刺的將寒假做到一半的分析完,寫完第一版的摘要,寄給老師,
然後就跳上往高雄的自強號,前去恆春半島度過閃光節。

去恆春墾丁其實沒有太多的原因,就是很久沒去了,
然後又是非旺季和非假日,旅費會比較便宜。
再來14號快要開學,我們兩個應該都會很忙,所以趁有時間就趕緊出去玩了。
這四天真是我寒假唯一純玩樂的行程呀。

從墾丁回來果然就有許多工作等著,一個是老師改的血淋淋的老梗摘要,
一個是森多又要開始上工了。
到開學之前都是跟老師一起處理ESA的摘要,最後在2/16送出去了。

開學之後就一連串森多的報到加簽備課開會等等雜事,
再加上偏偏加簽那天出包,引起部份同學不滿,負責網管的我在bbs上,
跟同學們回覆說明了好幾篇長文。(我猜老師有看到吧)

這學期一共是三門課:專討、保育遺傳學、生態學研究法。
專討又很賽的抽到第四棒,想說也好早點ko掉,所以現在正在加緊趕工。
保育遺傳學目前都是純上課,所以也沒有太大壓力。
生態學研究法是讓我最經驗的,奧山老師相當的認真,
雖然他的英文還是會有一點口音,我過我覺得還可以聽懂。
例如Ecology我們會念「醫咖樂及」,他會念「醫口肉及」。
這門課主要在講試驗設計和資料分析,教的統計軟體是R。
每週都有要看的paper和assignment,雖然負擔很大,
但是我覺得相當的充實,也釐清了很多觀念。
另一方面,其中有四週要講GLM和GLMM我覺得真是我的重頭戲呀。
所以我自己研究分析的部份,應該都會找他做諮詢。

緊接著就輪到我的咪廷和專討了,所以研究都還沒有太大的動靜。
另外是我要開始決定著手GLM和path analysis 的時候,
跟統計軟體周旋了好幾個小時,google也還沒有滿意的答案。
所以忙到該準備專討的時候又暫時擱置了。

所以三月,會快速的將專討解決,然後開始來分析資料,
統計分析上面不會的問題,我會去找奧山老師求救。
3/7 3/9有兩場演化的演講,還沒決定要不要去。
3/14有森多的正課
3/21/22要跟廖煥彰等人去看鳥調的樣區 我會自己開車
所以 三月結束前 希望可以完成第一篇摘要剩下的東西,
然後開始分析第二篇摘要的內容。

大概這樣,我要繼續寫專討了...

明天3/3第二次meeting~~




Dear all:

明天由我來為大家主講
Vegetation Structure and Patch Size Sustain High Alpha Avian Species
Diversity in Mosaic Landscape in Taiwan

內容主要是我在寒假分析語撰寫的一些結果
還有我跟丁老師一連串修修改改的摘要,
開學當天已經送去給ESA了
接著會不會通過審核就看老天啦

那個就明天3/3 12:20 lab401 準時開講~
謝謝捧場

書面內容如下囉

大利

Vegetation Structure and Patch Size Sustain High Alpha Avian Species
Diversity in Mosaic Landscape in Taiwan

Da-Li LIN and Tzung-Su DING

School of Forestry and Resource Conservation, National Taiwan University
No.1 Sec. 4 Roosevelt Rd. Taipei 106, TAIWAN

Habitat selection is a process that influences survival and ultimate fitness
of animals. In general, birds select habitats among various landscape
components based on patch size, vegetation vertical structure, or floristic
composition; and this explains why large forest stands usually support higher
bird species richness. However, some highly fragmented landscapes still
support high bird species richness. We mapped the locations of all observed
bird individuals in Meifeng Highlands Experimental Farm of National Taiwan
University (24° 05'N, 121° 10'E) by territory mappings during the breeding
seasons from 2005 to 2007. We classified the 50 ha study area into 15
landscape types by aerial photograph and measured vertical structure and
floristic composition of vegetation in each patch in 2007. We recorded 66 bird
species in 213 patches which were grouped into four major habitat types:
forests, plantations, fields, and orchards. Forests and plantations had more bird species than fields and orchards. The z value in the species-area relationships of bird species in forests and plantations were significantly lower than fields and orchards but showed no significant difference between forests
and plantations. Forests had significantly more plant families in canopy layer than plantations but were similar in the number of plant families in sub-canopy layer. Path analysis suggests sub-canopy played an important role in sustaining diverse bird community in plantations, especially in very small patches. We conclude that patch size is still a major factor to sustain native biodiversity in fragmented landscapes but in small patches both vegetation vertical tructure and floristic composition are key factors to sustain higher native biodiversity.

Background Knowledge

The species-area relationship (SAR) is one of the oldest and most
general patterns in biogeography. This relationship has been sought for variety
of taxa (Connor & McCoy, 1979). Species richness is most often related to area by the power function (1) (Fig. 1a).

S = CA^Z(1)

In this function, S is the species richness (number of species), A is the
area, and C and z are fitted constants. The constants are estimated typically
through linear regression on the logarithmic form of equation (2) (Fig. 1b).

log S = log C + z log A(2)

In this equation, C represented the intercept, z the slope. Primary interest
in the species-area relationship has been to attach biological meaning to
observed values of the intercept and slope (Connor & McCoy, 1979; Gilbert,
1980). The species-area relationship has been proposed as a model of the
optimal design of nature reserves. For example, the habitat diversity hypothesis (Williams, 1964) had been proposed to account for the species-area relationship. In recent years, the species-area relationship ihad been developed another form of function to predict biodiversity, such as species-habitat relationship (SHR), species-time relationship (STR), species-individual relationship (SIR), and species-time-area relationship (STAR)…etc.


Reference

Connor, E. F. & McCoy, E. D. 1979. the statistics and biology of the
species-area relationships. American Naturalist, 113: 791-833.

Gilbert, F. S. 1980. The equilibrium theory of island biogeography: fact or
fiction? Journal of Biogeography, 7: 209-235.

Williams, C. B. 1964. Pattern in the balance of nature. Academic Press, New
York.